Sakura Matou se afogou na escuridão pelos pecados que cometeu. Shirou Emiya, que jurou protegê-la, trabalha com Rin Tohsaka e se lança na batalha para pôr um fim à Guerra do Santo Graal. Illyasviel von Einzbern, como uma das poucas que conhece a verdade por trás do conflito, confronta seu próprio destino, enquanto Zouken Matou tenta usar Sakura para realizar seus próprios desejos. Será que o desejo de Shirou chegará até ela? A Guerra do Santo Graal está chegando ao fim... A batalha final está prestes a começar.