Pouco antes da conclusão do elevador espacial "Endymion" da Cidade Acadêmica. Kamijou Touma e Index encontram uma garota nível 0 chamada Arisa. Os magos estão atrás de Arisa, e atacam a Cidade Acadêmica. A líder chamada Shattouaura lidera uma unidade da Cidade Acadêmica para contra-atacar, Kamijou e Index descobrem de Stiyl que Arisa é a chave para infusão de uma guerra entre os lados da magia e da ciência. Quando a ciência cruza seus caminhos com a magia, a história começa com Endymion como palco!