Um alienígena semelhante a Rá surge saindo do Stargate, mata cinco soldados e sequestra outro, um ano após a missão original do Stargate. Uma nova equipe é montada, incluindo alguns membros antigos, e eles partem em busca do soldado desaparecido, para descobrir que Rá ainda pode estar vivo. Enquanto isso, o alienígena Goa'uld sequestra Sha're e Skaara, implantando-os com simbiontes e tornando-os hospedeiros Goa'uld.