O filme possui duas histórias: “Ishi Okoshi” e “Ayashiki Raihousha”. Em “Ishi Okoshi”, Natsume conhece um pequeno Youkai chamado Mitsumi em uma floresta. Mitsumi recebeu a missão de acordar o Youkai divino Gantetsu de seu sono profundo. Natsume se preocupa com Mitsumi e decide ajudá-lo na sua tarefa. Em “Ayashiki Raihousha”, um visitante misterioso aparece na casa de Tanuma. Quase todo dia esse visitante vai até Tanuma, conversa um pouco com ele e vai embora. Natsume, sabendo que o visitante é um Youkai, se preocupa com Tanuma, mas Tanuma está curioso sobre o Youkai. Este Youkai não representa perigo, mas a saúde de Tanuma começa a piorar aos poucos.