A cidade onde Hayato vive é devastada por um robô gigante, e seus pais são mortos no massacre. O único amigo que lhe resta é seu cachorro Jack, as únicas coisas deixadas são o sapato da mãe e uma foto de um homem e uma mulher que, como seu pai lhe diz em seu leito de morte, são seus pais verdadeiros. Agora Hayato quer se vingar de quem se diz ter enviado o robô: o terrível Navio Fantasma, que ameaça navios e há rumores de que pretendem exterminar tudo.