Três anos se passaram desde o ataque da Legião, e que o mundo está mais uma vez sendo atormentado por ataques de Gyaos. Os monstros voadores, que teriam sido dizimado por Gamera , agora estão reaparecendo em números crescentes em todo o mundo e evoluíram em Gyaos Hiper. Mayumi Nagamine, ornitólogo observou, retorna para ajudar o Japão governo para enfrentar esta ameaça. Um cemitério de fósseis Gamera foi encontrado no fundo do mar. Agentes do governo sombrias senhorita Asukura e Kurata Shinji, o primeiro com crenças ocultistas, estão entretanto a trabalhar para uma agenda diferente, com Asukura acreditando Gamera ser um espírito maligno.