Os Tamers estão em férias de verão e estão separados. Takato visita o seu primo Kai em Okinawa com o Guilmon, Henry investiga ruínas subaquáticas em Yonaguni com Terriermon e Rika fica para trás com Renamon para defender a sua cidade de Digimon invasores. Um Digimon maligno conhecido como Mephismon aparece e começa um plano que envolve a mania do novo animal de estimação digital conhecido como V-Pet para desativar as comunicações em todo o mundo e permitir que os Digimon atravessem livremente para o mundo real.