Yukimura Chizuru é uma garota que busca seu pai na cidade de Edo, e em sua jornada é perseguida por ronins e acaba sendo salva pelos temidos cães de Mibu, chamados de Shinsengumi. Eles são os responsáveis por proteger as pessoas de Edo, e são as forças armadas de samurais do Tokugawa Bakufu, e logo Chizuru identifica que os Shinsengumi também estão procurando por seu pai, e então Chizuru começa a cooperar com os Shinsengumi. Em uma das missões dos Shinsengumi, eles descobrem que existem Onis, que são seres muito poderosos e que têm um objetivo misterioso. Comandados por Kondou e Isami, e tendo como vice-comandante Hijikata Toshizou, os Shinsengumi enfrentam várias batalhas em prol de descobrir o segredo da Água da Vida e dos Onis.