Jimmy, um mestre Pokémon em treinamento, se encontra com sua amiga de infância, Marina, em um Centro Pokémon, para testar o quanto suas habilidades melhoraram. A batalha dos dois é interrompida por uma tempestade e a chegada de Ana e Attila, dois membros da Equipe Rocket usando o Cristal Milagroso (que atrai Pokémon do tipo Elétrico). O objetivo dos dois é, com a ajuda do Professor Sebastian, conseguir Pokémon e levá-los para Giovanni. Jimmy e Marina acabam esbarrando nesse plano, e eles tentam pará-lo, mas as coisas se complicam quando o Pokémon lendário Raikou é capturado.