No futuro, pode-se alcançar a imortalidade obtendo um corpo mecanizado. Órfão, o jovem Tetsuro pega uma carona no trem espacial Galaxy Express 999 na esperança de obter um corpo ciborgue para vingar a morte de sua mãe. Ao longo do caminho, ele conhece Matael, que é a imagem de sua mãe morta.