Embora tenha apenas dezesseis anos e parecer ainda mais jovem, Misao Makimachi já é uma habilidosa e competente membro do clã ninja Oniwabanshu. Isso é uma sorte para Misao, porque seus talentos onimitsu podem ser tudo o que a mantém viva quando uma jornada em busca do líder do clã, Aoshi Shinomori, leva ela a um encontro cara-a-cara com um homem ainda mais perigoso e uma conspiração para derrubar o governo Meiji! Rapidamente se envolve nos assuntos do assassino lendário Battosai, o retalhador, agora conhecido como Kenshin Himura, portador da espada de lâmina invertida, Misao encontra-se metida no meio de uma intriga mortal contra Makoto Shishio, que está orquestrando a conquista de todo o Japão - começando com Quioto!