O filme se passa dois anos após os acontecimentos do último episódio da série Fullmetal Alchemist (2003). Edward Elric vive em Munique, na Alemanha, no ano de 1923, junto com Alphonse Heiderich. Ele busca uma forma de voltar ao seu mundo e reencontrar seu irmão e seus amigos, mas terá que enfrentar também os problemas de sua época no outro mundo, como por exemplo, Adolf Hitler.