O ano é 2030. Seis meses se passaram desde que o incidente do homem sorridente foi resolvido. Cerca de 3 milhões de refugiados vivem no Japão, recrutados para preencher a escassez de trabalho. No entanto, a presença emergente dos refugiados intensifica o seu confronto com os "individualistas", que defendem um isolamento nacional, o que leva ao aumento de ataques terroristas. Nestas circunstâncias, um grupo terrorista chamado "Individual Eleven" realiza um ataque suicida. Mas havia um grande esquema por trás de sua ação. Quando Seção 9 descobre isso, eles tentam capturar o chefe do incidente.