O X-Digimon, um novo tipo de Digimon, é caçado pelos cavaleiros reais que protegem o mundo digital. Seu mestre, o superintendente da rede Yggdrasil, pretende pôr em prática o Projeto Arca de renovar o mundo digital e criar novo Digimon, mas à custa de todos as outras vidas digitais. X-Digimon vai buscar as respostas para sua própria existência enquanto tenta proteger a vida de todos os Digimon, de um jeito que vai mudar o mundo digital para sempre.