Comandante se passa no início da Segunda Guerra Mundial. Em outubro de 1940, enquanto navegava no Atlântico na calada da noite, o comandante Todaro se deparou com um navio mercante armado que viajava com as luzes apagadas, que ele posteriormente afundou com tiros de canhão. Ele então decide salvar os 26 marinheiros belgas fadados a se afogar no meio do oceano, transportando-os para o porto seguro mais próximo, conforme exige a lei do mar. Mas, para recebê-los em seu submersível, ele é forçado a navegar no nível da superfície por três dias, tornando sua própria embarcação visível para as forças inimigas e colocando em risco sua própria vida e a de seus homens.